スーパーマリオブラザーズ２と登場した敵キャラの一覧です。基本的には前作とあまり変わっていません。
| クリボー |  |
キノコ王国を裏切った悪いキノコ。踏んだり、ファイアボールで倒せる。 |
| ノコノコ（緑） |  |
カメ帝国の兵士。一度踏むと甲羅に閉じこもり、甲羅は蹴って他の敵を倒すことができる（スーパーマリオブラザーズ３５ではクッパも倒すことが可能であることが判明した）。甲羅状態から一定時間経つと復活する。 ノコノコ（緑）は足場がない場所でもそのまま直進する凶暴な性格。 |
| ノコノコ（赤） |  |
カメ王国の兵士。基本的な性能はノコノコ（緑）と同様。 |
| パタパタ（緑） |  |
ノコノコ（緑）に羽がついたもの。一度踏むと羽がとれ、ノコノコ（緑）になる。基本的に地面を跳ねながら移動するが、空中を漂うタイプの場合左右に移動する。 |
| パタパタ（赤） |  |
ノコノコ（赤）に羽がついたもの。一度踏むと羽がとれ、ノコノコ（赤）になる。空中を上下に移動する。 |
| パックンフラワー（緑） |  |
土管から出てくる人食い花。ファイアボールでないと倒せない。土管に隣接していると出てこない。 |
| パックンフラワー（赤） |  |
本作初登場。パックンフラワー（緑）よりスピードが速く、土管に隣接していても出てくる厄介者。ワールド４以降パックンフラワーはこいつしか出てこない。 |
| ジュゲム |  |
空を飛びながらパイポを投げてくる。踏んだり、ファイアボールなどで倒すことができるが、常に高い所を飛んでいるので非常に倒しにくい。また、倒しても一定時間経つと復活する。 |
| パイポ |  |
ジュゲムが無数に投げてくるトゲゾーの卵。地面に落ちるとトゲゾーになる。 |
| トゲゾー |  |
ジュゲムのペット。甲羅にトゲがはえている敵キャラ。踏むことができない。 （...ペットを投げるなよ） |
| メット |  |
基本的な動きはノコノコ（緑）と同じ。しかし、ファイアボールが効かず、一度踏んでも甲羅に潜るだけなので倒すことができない。 |
| キラー砲台 |  |
キラーを発射する砲台。倒すことはできない。隣接しているとキラーを発射しない。 |
| キラー |  |
キラー砲台から発射される敵。真っすぐにしか進まない。ファイアボールが効かないので、踏んで倒すしかない。ステージによっては画面外からランダムに飛んでくるところもある。 |
| ハンマーブロス |  |
双子の敵キャラ。基本的に２体セットで登場する。飛び跳ねる動きをしながら、無数のハンマーを投げてくる本作最強クラスの敵キャラ。一定時間経つと前進しながら近づいてくる。 |
| プクプク |  |
トビウオ。水中では直進しながら近づいてくるタイプと、上下に揺れながら直進するタイプがいる。地上では下からジャンプしてくる。 |
| ゲッソー |  |
上下に漂いながら斜め上に移動しながら近づいてくる。ゲッソーの足には当たり判定がない。本作では地上でも登場する。 |
| ファイアバー |  |
特定の場所を中心にして回転するファイヤ。長さが２マス分のものと４マス分のものがある。どちらも回転する速度は同じ。 |
| バブル |  |
溶岩や穴から出てくる火の玉。スーパーマリオブラザーズ３５でノコノコの甲羅でも倒せることが判明した。 |
| クッパ（青） |  |
８−４に登場する青色のクッパ。ハンマーを投げて攻撃をしてくる。 |
| クッパ |  |
カメ族の首領。ワールド８以外のクッパは偽物で、ファイアボールで倒すと、その正体を表す。ワールド１〜ワールド５は炎を吐き、ワールド６・７ではハンマーを投げている。本物のクッパは炎とハンマーどちらも使用してくる |